O ainda curto período da série de dados é um factor limitante na análise interanual. No entanto, verifica-se que o ciclo anual da biomassa de zooplâncton apresenta um padrão bimodal, com pico de biomassa em Abril e Agosto. Os copépodes são o grupo mais abundante durante todo o ano, especialmente no período de Agosto a Novembro, apresentando uma correlação negativa significativa com a temperatura da água do mar. Os copépodes na Baía de Cascais estão maioritariamente representados pelos géneros Acartia, Paracalanus, Oncaea, e Oithona. Outras espécies (Temora stylifera, T. longicornis, e Centropages spp.) são também importantes ocorrendo mais tarde no fim da época de produção e, explicam as grandes abundâncias de copépodes registados perto do fim do ano. A abundância total de copépodes apresenta uma correlação negativa significativa com a temperatura in situ (r2- 0.7848), o que é verificado pela oscilação das anomalias interanuais. Nos últimos anos a temperatura da água do mar à superfície tem vindo a aumentar, o que tem provocado uma diminuição da abundância total dos copépodes. Os principais responsáveis por este decréscimo são os três géneros mais abundantes: Acartia, Paracalanus, and Oithona que apresentam uma correlação positiva entre eles. A acompanhar esta diminuição de copépodes tem-se observado um aumento na abundância de larvas de bivalves, de tal maneira que em 2009 foram, pela primeira vez, o taxa mais abundante, representando 26,2% do zooplâncton total. A abundância destas larvas de bivalves coincide com a abundância crescente, no estuário do Tejo, da amêijoa japonesa (Ruditapes philippinarum), uma espécie de bivalve invasora. Esta espécie que foi detetada pela primeira vez há 10 anos é agora alvo de uma pesca local dirigida (Garaulet, 2011). Estes resultados dão uma indicação preocupante da evolução da composição do zooplâncton, onde os copépodes, principal alimento de muitos peixes e crustáceos, parecem estar a ser substituídos por larvas de espécies invasoras, com consequências ainda desconhecidas para a manutenção dos recursos marinhos e estuarinos. A manutenção e incremento das observações no futuro permitirá verificar se esta tendência se mantém e qual o impacto futuro destas alterações no ecossistema marinho da região.

No entanto, a diminuição de copépodes segue as tendências já obtidas na estação de Vigo (norte do local de Cascais), onde os copépodes Acartia clausi e Calanoides carinatus têm vindo a diminuir. Por tudo isso, é necessário mais dados para entender melhor essa mudança na abundância de espécies ao largo de Cascais e a sua relação com o aumento da temperatura ao longo dos últimos 30 anos (Figura 3). Além disso, a necessidade de identificar as larvas véligers de Bivalvia para o nível taxonómico mais baixo é necessário, a fim de compreender a importância de espécies invasivas na área.

O registro da temperatura a longo prazo para esta região (Figura 3) demonstra que as temperaturas médias de superfície estão atualmente a aumentar relativamente ao observado nos últimos 100 anos.