Garantir a gestão adequada e sustentada das zonas de produção de moluscos bivalves em Portugal Continental através da sua melhor caracterização e do acompanhamento regular dos teores em contaminantes biológicos e químicos (fitoplâncton nocivo, biotoxinas marinhas, contaminantes químicos, contaminantes orgânicos, bactérias, agentes patológicos e vírus entéricos) de forma a proteger a saúde pública e a caraterização ambiental e identificação de espécies não autóctones para promover a proteção dos recursos naturais e do meio ambiente. Pretende igualmente efetuar ações de aconselhamento, coletivas ou individuais, sobre boas práticas de manuseamento, produção e comercialização de forma a contribuir para aumentar a rentabilidade e melhorar a competitividade nos mercados nacionais e estrangeiros.